杭州的水路交通，主要是京杭大运河上从苏州至杭州的游船，一般是夜行，暮发朝至，到达地为苏州和无锡两地。在武林门码头上船，17：30发往苏州，次日7：00到抵达，苏州返航时间为17：30。另有一条为钱塘江的航线。这两条线一般都是在夏季或旅游旺季才开通。现已停运。
杭州水上巴士是杭州市内的水上公交系统，按站（码头）停靠，用于缓解陆上交通压力和为游客提供旅游服务，有四条水上巴士线路，连接大运河、西溪、钱塘江等水系。
杭州水上巴士支持微信和支付宝支付、闪付银联卡、全国交通联合一卡通和杭州通公交卡。
