截至2016年底，杭州有线路包括沪昆线（浙赣段、沪杭段）、萧甬线、宣杭线。高速铁路现有沪杭客运专线、宁杭客运专线、杭甬客运专线、杭长客运专线，2014年12月10日，沪昆高铁杭州至南昌段正式开通运营，而南昌至长沙段已开通运营。至此，沪昆高铁杭州至长沙段全线通车运营。杭州成为中国首座高铁十字架城市。

　　杭州站位于上城区环城东路，始建于1906年11月14日（当时称清泰站），因站址在杭州城清泰门内，故本地媒体和民众一般称其为“城站”；最新的杭州站于1997年在拆除40年代日据时期旧站的基础上重建而成，1999年12月28日启用，为上海铁路局辖下的铁路一等站。杭州站为5台9线，多座站台可停靠动车组。始发列车开往全国各个方向，以周边的上海、宁波、温州居多。2005年杭州站发送旅客1462万人次，到达1283万人次。杭州地铁1号线、杭州地铁5号线在此设有”城站“站。

　　杭州东站位于江干区天城路，建于1992年；最新的杭州东站于2013年7月1日启用，为上海铁路局下辖特等站。车站体量与上海虹桥站相当，为15台30线，是中国乃至亚洲最大的枢纽站点之一。2015年发送旅客392.4万人次，到达515.3万人次；杭州地铁1号线、杭州地铁4号线、杭州地铁6号线(在建中)和杭州机场轨道快线(在建中)在此设有”火车东站“站。

　　杭州南站原名萧山站，位于萧山区新塘街道，距离杭州站27千米，现为特等站，是沪昆线和萧甬线两线枢纽。杭州南站规划旅客总量每天4.5万人次，高峰时旅客量每小时1.2万人。杭州南站在2013年7月进入闭关改造阶段，将于2020年7月1日重新投入使用，届时杭州地铁5号线将在此设站 [49]  ，未来杭州地铁11号线(规划中)也将在该站设站。